Poco se sabe sobre la comisión, el diseño o la historia temprana de la iglesia.
En el siglo XIX, la iglesia estuvo abandonada y en mal estado durante mucho tiempo.
Las paredes están revestidas por una serie de nichos, "de forma extraña" según Young, pero probablemente colocados para descansar los instrumentos litúrgicos para la misa.
El nuevo espacio busca emular una nave de un solo pasillo.
El ábside de Fuentidueña contiene roble blanco, pintura roja, pino y dorado y un crucifijo monumental que cuelga ante él.
Su reverso contiene una representación del Agnus Dei ("cordero de Dios"), decorado con follaje rojo y azul en sus marcos.
No tenía techo y, como resultado, sufrió un deterioro a lo largo de los siglos.
El intercambio fue visto más favorablemente por los españoles 12 años después, cuando nuevamente el Museo Metropolitano de Arte pidió diálogo para establecer una negociación y argumentó que el ábside estaría mejor conservado en un edificio techado.
Durante las negociaciones, los españoles estuvieron representados por Francisco Javier Sánchez Cantón (más tarde director del Prado), y el arqueólogo e historiador Manuel Gómez-Moreno Martínez.