En el 2001 se vio de nuevo dañado por la guerra liderada por los Estados Unidos tras el 11-S.
En 2007 el aeropuerto terminó un proceso de reconstrucción lo que permitió retomar operaciones con vuelos civiles y militares.
Durante el verano son habituales tormentas de polvo que dificultan su localización desde el cielo, circunstancia agravada por el poco contraste entre la pista y el terreno desértico que la rodea.
Por la noche es más fácilmente visible gracias a la iluminación del aeropuerto.
Sin embargo, el aeropuerto quedó relativamente intacto hasta el final del conflicto.
Ariana Afghan Airlines (la aerolínea nacional afgana de la época) tenía vuelos ocasionales entre Kandahar, algunas ciudades del país y Pakistán.