Tomó parte en diversas expediciones armadas para perseguir y castigar a los indios rebeldes y adquirió los terrenos del antiguo pueblo del Pitic, que convirtió en hacienda e introdujo allí el cultivo de la vid.
Prosiguió las operaciones en contra de los indios rebeldes, los derrotó en el mismo pueblo de Tecoripa y en Otancahui y los obligó a pedir la paz, restableciendo la tranquilidad.
Los adictos a Bernal hicieron correr especies alarmantes en contra de los jesuitas, Vildósola procuro atraérselos para calmar el ambiente y entró en correspondencia epistolar con los directores de las misiones.
Pretendió removerlos de sus cargos y se opusieron porque obtenían las plazas en propiedad.
A su arribo al El Pitic lo suspendió en el ejercicio del gobierno, inició las averiguaciones y lo conminó para que se dirigiera a la Ciudad de México mientras se terminaba la pesquisa.