Alexander Manninger se formó en el club de su ciudad natal, el Austria Salzburgo, perteneciendo a esta institución desde las categorías juveniles; durante la temporada 1995-96 fue vendido al Vorwärts Steyr, también de Austria, club con el que jugaría su primer partido en primera división, frente al Grazer.
Así, Alex hizo su debut ante el equipo italiano y nada menos que en el mismísimo Estadio Giuseppe Meazza.
En el verano de 2002 fichó por el Espanyol, pero sin suerte, ya que no disputó ningún partido oficial.
Sin embargo, la Juventus de Turín adquirió su carta pero lo cedió al Udinese para que juegue la temporada.
El 22 de julio se hizo oficial su fichaje, con un contrato a corto plazo y su lugar en la plantilla.