En los cuartos de final de la Copa Libertadores de América 2016, participaron los mejores ocho equipos del campeonato.
Estos fueron distribuidos en cuatro parejas de acuerdo a las llaves resultantes que se formaron tras los duelos de octavos de final.
Cada pareja de equipos se enfrentó en una serie de dos partidos, a ida y vuelta.
En caso de empate en el total de goles, se aplicaría la regla del gol de visitante y si aún persistía el empate se realizaría una tanda de penales, sin prórroga previa.
[1] Reporte Reporte Reporte Reporte Herrera Ludueña Sosa Ruíz Cortez Tellechea José Angulo Caicedo Mina Reporte Reporte Tévez Díaz Pérez Insaurralde Fabra Carrizo Polenta Victorino Fernández Porras Romero Carballo Reporte Reporte