Aquebogue se encuentra ubicada en las coordenadas 40°56′N 72°37′O / 40.933, -72.617.
Según la Oficina del Censo, la ciudad tiene un área total de 11,8 km² (4,6 mi²), de la cual 9,9 km² (3,8 mi²) es tierra y 1,8 km² (0,7 mi²) (15.42%) es agua.
Según la Oficina del Censo en 2000 los ingresos medios por hogar en la localidad eran de $54 453, y los ingresos medios por familia eran $60 375.
Los hombres tenían unos ingresos medios de $38 776 frente a los $37 750 para las mujeres.
La renta per cápita para la localidad era de $31 825.