Limita con las ciudades de Usa, Kitsuki y Kunisaki.
El área de la actual Bungotakada era parte de las antiguas provincias de Echigo y Bungo.
Bajo el shogunato Tokugawa, lo que ahora es Bungotakada estuvo bajo el control del dominio Shimabara.
Después de varias incorporaciones, en 1954 cambia su nombre a Bungotakada.
Según los datos del censo japonés, la población de Bungotakada ha disminuido constantemente en los últimos 70 años.