Fue fundado en 1940 y su primer equipo juega actualmente en la División de Honor Regional.
El Hernani logró permanecer dos temporadas en esta categoría, cayendo en 1993 de nuevo a la Segunda división española.
Al finalizar la temporada 2008-09 se clasificó para los play-offs de ascenso a la Primera división española, aunque finalmente no pudo ascender.
En la de 13-14 empezó mal pero terminó la temporada bastante arriba, gracias a una segunda vuelta muy buena.
El club cuenta además con secciones de atletismo, natación, balonmano, voleibol, baloncesto, waterpolo, bolos y pelota vasca.