Su sede se hallaba en la ciudad de Valencia, calle del Mar, número 55.
Tal situación expuso al gobierno republicano que estos bienes deberían ser controlados directamente por la administración central, y usados para reparar los daños que fueran causados por la rebelión militar, regulando las incautaciones «con cargo a las responsabilidades civiles de los partícipes en el movimiento sedicioso», tanto directa como indirectamente, en el transcurso de la guerra civil española.
Sin embargo, debido a las limitaciones impuestas por la guerra y las dificultades económicas en la retaguardia republicana, la Caja sólo se encargó realmente de centralizar las requisas y la gestión de los patrimonios incautados, tarea que realizó con notable secretismo, aunque luego se le acusó de flagrante ineficiencia.
Los bienes inmuebles incautados por la Caja consistieron principalmente en fincas, casas o palacios, utilizados casi de inmediato para fines militares, en tanto la situación bélica no permitía otro empleo.
se decidió la constitución de un Consejo Ejecutivo compuesto por Amaro del Rosal, director; Esteban Martínez Hervás, vicedirector; y Eduardo Ruiz Gajá, secretario general.