Esta fortaleza pasa a conocerse desde el siglo XIII como castillo de Zalatambor, coincidiendo con las primeras fortificaciones realizadas en la peña mayor.
El castillo de Zalatambor fue residencia real durante los siglos XIII, XIV y XV, con numerosas dependencias preparadas a tal efecto.
En 1512, la coalición beaumontesa–castellana conquistó definitivamente el castillo, que pasó junto al resto del reino a manos castellanas.
En un primer momento, a caballo seguramente entre los siglos X y XI, se construye la fortificación de la peña menor.
La tercera fase se corresponde con el refuerzo y desarrollo de este castillo, que abarcaría desde el siglo XIII hasta su demolición en 1572.
Se construyó un tercer recinto, y la cara posterior de la peña, sin apenas espacio, fue aprovechada con dos nuevos cinturones defensivos.
Contenía las dependencias reservadas al alojamiento de los reyes y tenía acceso directo a una bodega excavada en la roca.
Finalmente, en el exterior de este recinto, y parcialmente excavadas en la roca, se encontraban las caballerizas del castillo.