La reina Mariana de Neoburgo donó 300 pesos, y el jefe kipuha de Agaña contribuyó con en terreno; en 1670 fue erigida una estructura más permanente.
Dentro de esa estructura están las paredes, pisos y techos, construidos con madera ifil.
Otras iglesias fueron construidas por toda la isla, inicialmente, muchas de esas iglesias fueron destruidas por los chamorros en su esfuerzo por recuperar su independencia, aunque otras fueron destruidas por causas naturales, sin embargo, con el pasar de los años, la población chamorra fue aceptando de manera gradual la fe española como suya.
Después de la guerra fueron reconstruidas y se construyeron otras nuevas.
Debajo del altar se encuentran enterrados los obispos de la diócesis, además de algunos matua, es decir, jefes chamorros; y, al igual, que otras catedrales del mundo, alberga una pieza de la Vera Cruz.