La edificación esta protegida por el Instituto del Patrimonio Histórico y Artístico Nacional de Brasil.
[3][4] La colonización definitiva de Florianópolis tuvo inicio en 1673.
En 1679, Francisco Dias Velho requirió el título legal de las tierras, iniciando la construcción de una iglesia dedicada a Nossa Senhora do Desterro.
Era pequeña y fue construida con piedra caliza.
En 1908 fue elevada a la condición de Catedral.