No perteneció al partido federal dirigido por Manuel Dorrego, y se negó a cumplir el compromiso que había contraído con la legislatura entrerriana, de defender la forma federal de gobierno.
Cuando éste se retiró hacia el río Uruguay, regresó a la capital y ejerció la gobernación como delegado de su hermano.
Éste casi no pisó Paraná hasta 1844, de modo que Cipriano ejerció el poder ejecutivo en la capital, mientras que el general ejercía el poder militar en el resto del territorio, especialmente en la zona del río Uruguay.
En 1842 fundó el periódico "El Federal Entrerriano", que siguió existiendo hasta la guerra civil de 1870.
Los atacantes pasaron después al ejército correntino, pero nunca se confirmó que hubieran sido enviados por los Madariaga.