La Clasificación histórica de la Copa Intertoto de la UEFA recoge los datos estadísticos de todos los participantes (incluyendo rondas previas de clasificación) de la Copa Intertoto de la UEFA desde que la UEFA tomó control de la competición en 1995 hasta su última edición en 2008.
La misma se muestra a continuación en forma de tabla, con los equipos que han participado en este torneo, las temporadas disputadas, puntos obtenidos, etc.
Vale aclarar que esta lista se ha realizado aplicando la regla de 3 puntos por victoria y uno por empate, tal y como se realiza actualmente el conteo de puntos en las fases de grupos de las competiciones vigentes de la UEFA.
Por otro lado, se considera como campeones entre 2006-2008 a aquellos equipos que lograron pasar de la tercera fase.