En 1996 Chacras de Coria logró un acuerdo con el Club Deportivo Godoy Cruz Antonio Tomba, participante de la Primera B Nacional, para lograr una fusión temporal entre ambos clubes; se denominó Club Atlético Mendoza o simplemente Godoy Cruz - Chacras, el motivo de éste acuerdo fue por cuestiones económicas.
En su haber, consiguió el Torneo Argentino B título nacional, ya poseía dos consagraciones a nivel local cuando ganó tres títulos consecutivos de torneos cortos Liga Mendocina de Fútbol, en la temporada 1998-1999 y 1999-2000, año futbolístico éste que quedó inconcluso porque nunca se jugó el segundo certamen, el del 2000.
Fue cuando se reestructuró y los torneos locales comenzaron a coincidir con el año calendario.
En aquel entonces, el Millonario –como se había apodado al equipo de la Panamericana por su poderío económico y futbolístico– caía en Bahía Blanca ante Liniers por 3 a 2 por la última fecha (6ª) de la quinta fase del Torneo Argentino B.
Ese año salió campeón invicto, ganando 17 partidos consecutivos y sin goles en contra.