Los orígenes del club filial del C. D. Calahorra "B" se remontan a la década de los 70 cuando se creó para ayudar al primer equipo a poder conseguir la permanencia en la Tercera División tras una restructuración por parte de la RFEF.
Este equipo se convirtió en filial del C. D. Calahorra pero desapareció en la temporada 2011-12.
En este momento el C. D. Calahorra contaba como filial a sus equipos juveniles, pero no un club como tal.
En este primer año logró el ascenso a Tercera División terminando primero en una liga muy disputada.
Desde entonces se ha mantenido sin problemas en la Tercera División riojana logrando en la temporada 2020-21 la clasificación al Play Off a Segunda RFEF.