El convento fue construido en el siglo XV, aunque fue destruido hacia el 1653 debido a una riada que asoló gran parte de la ciudad.
La nueva edificación data del siglo XVIII y es de estilo barroco, con reformas a comienzos del siglo XX en estilo neomudéjar, obra de José Antonio Rodríguez.
Durante la guerra civil española, en el año 1936, fue expoliado desapareciendo gran parte de su riqueza histórica-artística.
En el año 2011, debido a los terribles terremotos acaecidos en la ciudad de Lorca, el Convento y Santuario de la Virgen de las Huertas sufrió importantes daños estructurales tales como la destrucción de su campanario neomudéjar y diversos daños pictóricos y arquitectónicos irreparables, por lo que en meses posteriores se procedió a acometer las obras de consolidación estructural.
Tras las excavaciones realizadas, se encontró bajo el suelo de Convento Santuario un palacio islámico que data del siglo X y que hacia 1467 fue reutilizado para construir una ermita donde se asentaron los franciscanos.