En algunos casos, por ejemplo en Colonia, podía participar un segundo equipo debido a la cantidad de ligas en su departamento.
En 1995 y 1997 los finalistas clasificaron directamente a la Liguilla, destacándose que en 1995 el club Porongos de Trinidad se convirtió en el primer equipo del interior del país en disputar un torneo oficial de la CONMEBOL, la Copa Conmebol 1996.
Finalmente el nuevo torneo tuvo poco éxito y apenas se disputaron 3 temporadas.
Repaso anual del campeón absoluto del interior, en general ese galardón se ha correspondido con el ganador de la Copa Nacional de Clubes, excepto por los años 1998, 1999 y 2000 que correspondió al Torneo Mayor.
Los dos finalistas del año 2000 clasificaron para disputar la Copa El País de 2001 junto a los otros 6 equipos que permanecían en el Torneo Mayor.