La Copa del Rey de balonmano 1999 fue la edición XXIII del campeonato estatal de la Copa del Rey y se celebró en Valladolid entre el 12 y el 15 de febrero.
Los equipo clasificados fueron: C.R.
Quesos García Baquero, BM Valladolid, Portland San Antonio, BM Chapela, Octavio Pilotes Posada, CB Cantabria, Ademar León y el FC Barcelona.
El ganador de esta edición fue el FC Barcelona, imponiéndose al Portland San Antonio.