[5] La cueva fue descubierta por los hermanos Eloy y Javier Delgado, mineros de oficio, en abril del año 2000.
El magma calentó el agua subterránea que estaba saturada con iones de sulfuro (S2−).
El oxígeno difundió lentamente en el agua caliente y oxidó los sulfuros (S2−) en sulfatos (SO42−) que precipitaron como anhidrita (CaSO4).
El sulfato de yeso hidratado se cristalizó a un ritmo extremadamente lento durante el curso de al menos 500 000 años, formando los enormes cristales actuales.
[2] La cueva de los cristales gigantes fue descubierta en el año 2000 por mineros que excavaban un nuevo túnel para la compañía minera Industrias Peñoles,[7] mientras perforaban la falla de Naica que les preocupaba inundaría la mina.