El líder agrario Graciano Sánchez fue el primer director del departamento.
[1] A raíz de la experiencia con el Proyecto Carapan en 1932, el educador Moisés Sáenz propuso al gobierno de Lázaro Cárdenas el diseño del Departamento,[2] que funcionaría como un órgano consultivo para el estudio de la población indígena, que hasta el momento había sido la menos beneficiada en el reparto agrario.
[6] Durante la gestión del Chávez Orozco, el DAAI impulsó la enseñanza en lengua indígena como política educativa para la población indígena y promovió la Primera Asamblea de Filólogos y Lingüistas en mayo de 1939, así como el Primer Congreso Indigenista Interamericano, que daría pie a la creación del Instituto Indigenista Interamericano.
En diciembre de 1946, el Poder Ejecutivo Federal envió una iniciativa de ley para transformar el departamento en la Dirección General de Asuntos Indígenas al considerar que las funciones atribuidas a este tendrían una atención más completa atribuyéndolas a otras dependencias.
Tras su desaparición, ningún organismo quedó encargado en estudiar las condiciones de las comunidades indígenas, razón por la cual se creó en 1948 el Instituto Nacional Indigenista.