Entre 1920 y 1936 fue denominada Escuela Central de Gimnasia, recuperando su denominación original en 1939, al finalizar la Guerra Civil.
Desde su apertura, la Escuela estuvo muy influida por las doctrinas y técnicas de la llamada Escuela Sueca de gimnasia, aunque paralelamente desarrolló una importante labor de difusión del deporte, tanto en el Ejército como en la vida civil, a través de numerosas publicaciones divulgativas.
Tras la aprobación de la Ley 13/1980 de Cultura Física y del Deporte, la Escuela únicamente imparte formación castrense.
Durante los últimos años ha adaptado sus planes de estudio al sistema universitario europeo determinado por el llamado Proceso de Bolonia.
Entre sus actividades destaca el Curso de Profesor de Educación Física, que engloba formación teórica y práctica con asignaturas en las que se imparte teoría del entrenamiento, anatomía y fisiología, biomecánica, pedagogía, psicología, esgrima, tiro con arma corta y larga, combate cuerpo a cuerpo e intervención no letal.