Fue fundado el 21 de abril de 1965 en la ciudad de Riachão do Jacuípe del estado de Bahía y en 1989 gana su primer título al proclamarse campeón de la segunda división del Campeonato Baiano,[7] participando en la primera división estatal hasta su descenso en 1996.
En 2012 es subcampeón de la segunda división estatal[8] y regresa a la primera división del Campeonato Baiano por primera vez en 16 años.
[11] En 2015 clasifica por primera vez a la Copa de Brasil, donde eliminaron en la primera ronda al Paraná Clube del Campeonato Brasileño de Serie A.
[12] En 2014 el Jacuipense se convirtió en el primer equipo de fútbol de Brasil cuyos partidos podían verse en vivo del club mediante una aplicación en tablet o teléfono inteligente; y donde los aficionados podían elegir a los 11 titulares en cada partido por medio de una votación, así como las sustituciones.
[13][14] También aplicaron la idea en su primera aparición en el Campeonato Brasileño de Serie D.[15] Jonílson Veloso[4]