Buendía se formó en el Cadetes de San Martín, club comandado en aquel entonces por Bernardo, del cual partió con 11 años a Real Madrid.
Emiliano Buendía comenzó la temporada 2014-15 aún con el equipo B y en el tercer nivel, anotando dos veces en una victoria por 3-0 en casa contra el CF Fuenlabrada.
Allí jugó toda la temporada como titular, con aceptables rendimientos, pero el equipo descendió a Segunda B.
En la 2020-21 marcó 15 goles, dio 16 asistencias y fue elegido el mejor jugador de esa campaña en la Championship,[cita requerida] logrando un nuevo ascenso a la Premier League.
Al terminar esta temporada el Aston Villa F. C. anunció su fichaje, siendo la incorporación más cara en la historia del club.