En 1855 es elegida Priora del convento por lo cual intensifica la oración para pedir sabiduría y prudencia necesaria para su correcto desempeño, obteniendo la gracia poco después.
Distintos religiosos, clérigos y otros analistas han negado que las apariciones hayan ocurrido.
Si bien, la noche del jueves Santo de 1857, la religiosa solamente oyó una voz interior, otros relatos autenticados por San Ezequiel Moreno Díaz, San Pío X y el Venerable Pío XII expresan que agosto de ese mismo año tuvo lugar la Gran Aparición que anteriormente se narra.
[2] Los Obispos Mariano Rossell Arellano, Miguel Ángel García Arauz y Rafael González siempre defendieron la importancia de estas apariciones, mientras en la actualidad los Presbíteros Marco Aurelio González Iriarte y José Ignacio Barillas se han encargado de mantener viva la historia de la Madre Encarnación Rosal y las experiencias místicas que ella tuvo, sosteniendo con pruebas documentales las apariciones narradas por San Ezequiel Moreno Díaz.
Ella murió en Tulcán, Ecuador en 1886 y en el siglo XX, cuando por motivo de la guerra, su cuerpo corría el peligro de ser profanado por los liberales, así que las hermanas lo sacaron del sepulcro para llevárselo a Colombia.