La compañía fue fundada en 1945 en un pequeño edificio en la clínica universitaria de Hamburgo-Eppendorf (UKE).
Hoy en día, es una gran empresa en la rama biotecnológica, que emplea a más de 4,500 personas.
Eppendorf ofrece un amplio rango de equipamiento biotecnológico que incluye centrífugas, pipetas, termocicladores, dispositivos para micromanipulación, consumibles, microarrays, etc.
Muchas otras compañías copiaron el formato y ofrecen tubos muy similares, pero estos se conocen coloquialmente como eppendorfs en la jerga de laboratorio en todo el mundo, sean o no manufacturados en esta compañía.
Muchas centrífugas han sido específicamente diseñadas para ser compatibles con estos tubos.