Una primera terminal de madera se construiría en 1888 para dar paso en 1896 con una estación nueva con estilo arquitectónico estadounidense,[3][1] en tanto en sus alrededores se realizarían áreas jardinadas al estilo europeo.
Además de la estación y sus andenes se construiría infraestructura como oficinas telegráficas, archivos, talleres, bodegas y el Hospital Colonia para ferrocarrileros[6] el cual se situó en Manuel Villalongín 117.
Por ello y dado el papel estratégico del ferrocarril en la Revolución mexicana así como la conexión que tenía con el norte del país, la Estación Colonia se convertiría no sólo en un sitio estratégico para controlar por las diversas fuerzas beligerantes, sino en lugar de distintos episodios de la misma.
A la estación Colonia acudieron para recibirle su hermano Jesús, el pintor Saturnino Herrán y el escritor Chucho B.
Ampliado sucesivamente en 1957 y 1958, un convenio que estableció en 1981 que los trabajadores ferrocarrileros en lo sucesivo serían derechohabientes del Instituto Mexicano del Seguro Social (IMSS), hizo que el llamado Conjunto Colonia pasara a ser parte del IMSS en ese año para ser a partir de 1986 la Unidad de Medicina Física y Rehabilitación Centro Hospital Colonia del IMSS.