La estructura orgánica de la Universidad Autónoma Metropolitana es la forma en que se organizan las relaciones entre los diferentes órganos y sus autoridades en los que recae el gobierno, la administración y operación de esa casa de estudios que tiene su sede en México.
Fue pensada para evitar el centralismo y las arbitrariedad en la toma de decisiones.
Por ello, se consideró un modelo basado en órganos colegiados, unidades académicas, divisiones y departamentos, mismos que tienen facultades y obligaciones distintas.
La UAM se compone de 5 Unidades Académicas y 1 Rectoría General, cada Unidad cuenta con su organigrama propio.
Su organigrama se muestra a continuación: El Colegio Académico, el Patronato y la Junta Directiva se encuentran en la cima del organigrama, y guardan una relación de colaboración o trabajo mutuo.