[1][2] El actual edificio virreinal se encuentra asentado sobre los restos del Templo Mayor de Mexicaltzingo.
[1][3][4] En 1983, mientras se realizaban las obras de recimentación se descubrieron, en una serie de pozos excavados en el interior de la iglesia y el claustró, elementos arquitectónicos correspondientes a pisos de grandes plataformas y escalinatas que mostraron un bran basamento prehispánico que habrían pasado por varias etapas constructivas.
En el mapa el templo aparece en su actual emplazamiento, en el cruce del Canal de la viga (actual Calzada de la Viga) y la antigua calzada de Iztapalapa (actual Calzada Ermita-Iztapalapa) En 1952 fue cerrado para su consolidación, y en 1959 fue cerrado el panteón que funcionaba en el atrio mismo del templo, trasladándose los restos de las personas enterradas a unas criptas en el mismo templo.
[7] En este templo fue hallado una imagen de Cristo hecha con pasta de caña que tras un análisis se halló que tenía códices con inscripciones en náhuatl.
[1] La iglesia tiene planta de cruz latina cubierta con una bóveda de cañón con lunetos, en el crucero se levanta una cúpula octagonal , sin tambor, rematada por una linternilla,[8] la portada tiene columnas salomónicas en el primer cuerpo.