Ejerció el cargo durante la gestión del ministro Luis Solari.
De la misma manera, logró la aprobación del proyecto peruano en el Fondo Global de Lucha contra el SIDA, la Tuberculosis y la Malaria en colaboración con la Coordinadora Multisectorial en Salud.
Otro motivo por el cual se lo criticó es porque en diciembre la píldora del día siguiente generó una polémica con una ONG y la Iglesia católica, en la cual Carbone mostraba una posición conservadora y se abstuvo de implementar la distribución de la Anticoncepción Oral de Emergencia (AOE) en el país, pese a que demandaban la distribución del producto.
A inicios de 2003, Carbone presidió una comisión multisectorial creada para enfrentar el Síndrome respiratorio agudo grave.
Renunció al cargo en junio del mismo año y fue reemplazado por Álvaro Vidal.