Mientras que la final de vuelta se jugó el viernes 19 de diciembre del 2003 en La UNSA en el Perú, en donde el Cienciano vencería por 1 a 0 al River Plate.
Así el equipo peruano ganaba su primera Copa Sudamericana al obtener un marcador global de 4 a 3, y se convertía así en el primer equipo peruano, y hasta ahora único, en conseguir un título internacional a nivel de clubes.
Cabe destacar que en la final de esta edición hubo un cambio de reglamento a último momento, ya que inicialmente se había decidido que si la final terminaba en empate luego de haberse jugado los 180 min.
También hay que tomar en cuenta que Cienciano no pudo jugar la final de vuelta en el Garcilaso, debido a que en ese entonces el estadio no contaba con la capacidad mínima exigida por la CONMEBOL (40 000 espectadores) para albergar una final de torneo internacional organizada por ésta.
El campeón Cienciano clasificaba automáticamente a la siguiente edición de la Copa Sudamericana.