Esta llave representó la última fase del torneo y en ella participaron Deportivo Pasto y Junior, ganadores de los grupos A y B de los cuadrangulares semifinales, respectivamente.
[2] En esta fase, la regla del gol de visitante no es tenida en cuenta como medida de desempate en caso de empate en goles ni hay tiempos extras una vez finalizados los 180 minutos reglamentarios de la llave, sino que directamente se procede a definir la llave por tiros desde el punto penal.
[3] En el partido de vuelta fue local el equipo con mejor puntaje acumulado del torneo (sumatoria de puntos obtenidos por cada equipo en las fases previas a la final).
El ganador de esta llave y, en consecuencia, del campeonato obtuvo el derecho de disputar la Copa Libertadores 2020 desde la fase de grupos y la Superliga de Colombia 2020.[3] Para la final, Deportivo Pasto debió ejercer la localía en el estadio El Campín de Bogotá dado que el estadio Municipal de Ipiales, donde el equipo disputó sus partidos como local durante el Torneo Apertura, no fue habilitado por la Dimayor para la disputa de la fase decisiva del torneo por motivos logísticos, entre los cuales la entidad citó: la carencia de iluminación artificial, la baja capacidad del escenario (5 600 personas) y posibles inconvenientes con la producción televisiva manifestados por los canales Win Sports y RCN Televisión.
[5] A continuación se encuentran tabuladas las estadísticas de Junior y Deportivo Pasto en las fases previas a la final: todos contra todos y cuadrangulares semifinales.