Originalmente, Flavio Alfaro se llamaba Pescadillo, debido a la abundancia de peces en el río que corría por la zona.
[2][3] En 1888, Eliseo Saldarriaga llegó al lugar y se estableció en el estero San Pablo.
En esa época, la parroquia incluía los caseríos Zapallo, La Morena, Camarones, El Guineo, Ciriaco, Rancho Quemado, Piche, Novillo y Quinindé.
El decreto fue sancionado por el Presidente de la República, Ing. León Febres Cordero, y publicado en el Registro Oficial No.
El cantón Flavio Alfaro se caracteriza por su relieve montañoso, con una altitud que varía entre los 350 y 500 metros sobre el nivel del mar.
El cantón está regido por un alcalde, quien ejerce las atribuciones que le confieren la Constitución de la República del Ecuador y la ley.