José Joaquín Escobar nació en Cali, hijo de José Escobar y Catalina García.
Tras cursar estudios primarios en Cali, se trasladó a Santa Fe a estudiar Derecho en el Colegio Mayor del Rosario.
En 1787 viajó a Quito para recibir la ordenación sacerdotal.
En 1810 era catedrático de Teología en Cali cuando iniciaron los alzamientos independentistas, a los cuales se unió y se convirtió en uno de los divulgadores de la causa emancipadora en la región.
Al final del año fue enviado a un Calabozo en el Arsenal de la Carraca de Cádiz, España.