El área donde ahora se encuentra la ciudad de Gotō era un puerto en la ruta entre Japón y la China de la dinastía Tang durante el período Nara.
Las islas cayeron bajo control del clan Gotō del período Muromachi y fue la localización de una intensa actividad misionera que tuvo lugar a finales del siglo XVI, la cual convirtió a la mayoría de la población al catolicismo (Kirishitan).
La mayor parte del pueblo fue destruido en un incendio en 1962.
Gotō es la sede del evento deportivo Ironman Triatlón.
El aeropuerto Gotō-Fukue se encuentra en la ciudad de Fukue.