Estuvo ligado a la suplencia alternando partidos con los del club filial.
En el Everton, Heitinga se reencontró con un compañero del Ajax, Steven Pienaar.
Heitinga reveló luego que interrumió a Cole "para hacerle perder concentración".
Varios meses después, anotó su primer gol internacional ante Grecia tras un tirlo libre de Rafael van der Vaart.
Aunque no participó en las eliminatorias, fue incluido en la nómina para afrontar la Eurocopa 2004 en Portugal.
Arrancó en los dos primeros partidos como lateral derecho pero fue expulsado en el tercero tras recibir dos amarillas.
Heitinga pese a algunos problemas físicos que sufrió, no perdió su lugar en la selección nacional incluso cuando Marco van Basten asumió el cargo de entrenador en 2004.
El cuadro holandés lo hizo bien y clasificó a la siguiente ronda, pero fue eliminado por Portugal.
John Heitinga ha jugado en la selección como defensa central o lateral derecho.