Cuando atravesaba su mejor momento, fue vendido al Vasco da Gama de Brasil, donde permaneció un año logrando el campeonato junto con grandes figuras como Bebeto y Bismark.
Pero logró ascender nuevamente a la primera división al año siguiente.
En 1998 regresa a Barcelona y ese año juega la Copa Libertadores 1998, obteniendo el vicecampeonato luego de perder la final con el Vasco da Gama.
Hólguer Quiñónez es considerado como uno de los mejores defensas en la historia del fútbol ecuatoriano.
También vale destacar que es el primer ecuatoriano en anotar un gol frente al Fútbol Club Barcelona de España.