Las islas, islotes e isletas del río Uruguay se distribuyen a lo largo de su recorrido en Brasil, Argentina y Uruguay.
En el tramo llamado río Uruguay medio, desde la isla Brasilera en la desembocadura del río Cuareim hasta la represa de Salto Grande, ubicada en el área conocida como Ayuí (por el arroyo Ayuí Grande), algunas islas quedaron sumergidas como consecuencia del llenado del embalse de la represa en 1979.
Por el mismo motivo se formaron algunos islotes costeros en las sitios más altos que no quedaron sumergidos por el embalse.
Brasil la considera como una isla del río Cuareim que ya le ha sido adjudicada por un tratado limítrofe, mientras que Uruguay la considera como una isla ubicada en el río Uruguay que se halla pendiente de demarcación limítrofe.
Islas e islotes bajo jurisdicción argentina desde la isla Brasilera hasta Ayuí: En el curso del río aguas abajo de Salto Grande hasta la desembocadura en el Río de la Plata, están bajo jurisdicción argentina dentro de la provincia de Entre Ríos las siguientes islas e islotes: Islas e islotes bajo jurisdicción uruguaya desde la isla Brasilera hasta Ayuí: En el curso del río aguas abajo de Ayuí hasta la desembocadura en el Río de la Plata, están bajo jurisdicción uruguaya las siguientes islas e islotes: