Berchstein nació en Waltershausen, distrito de Gotha en Turingia.
Después de la muerte de su único hijo, adoptó a su sobrino, Ludwig Bechstein.
Fue un prolífico zoólogo y uno de los primeros comprometidos con la conservación de la vida salvaje: además de su trabajo en ornitología publicó textos promoviendo la protección de los animales que eran considerados plagas en su época, como los murciélagos.
El murciélago ratonero forestal (Myotis bechsteinii) fue nombrado en su honor.
La abreviatura Bechstein se emplea para indicar a Johann Matthäus Bechstein como autoridad en la descripción y taxonomía en zoología.