Sus maestros allí fueron Georg Egger y Baltasar Siberer, quien le enseñó a tocar el órgano.
Su primer éxito fue en 1727 cuando se convirtió en el organista del conde Leopold von Firmian (entonces arzobispo de Salzburgo).
Llegó a la cima de su carrera cuando fue organista del arzobispo Andreas Jakob von Dietrichstein.
Eberlin fue muy respetado mientras vivió, compuso laboriosamente y tocó conciertos en las iglesias.
Sin embargo después de su muerte sus estrictas piezas corales en stile antico perdieron popularidad, y solo se recordaron sus obras para teclado.