En 1993, al no ser elegido en las elecciones de ese año, regresó a la cátedra universitaria, en la Universidad Complutense de Madrid, donde permaneció hasta su jubilación.
En 1981, dos años antes de expirar su mandato como alcalde, dimitió por desavenencias con su propio partido a nivel nacional, cuando el gobierno presidido por Leopoldo Calvo Sotelo negó a Santiago la creación de un Real Patronato a través del cual y con participación de distintas administraciones, se pudieran financiar las inversiones precisas para adecuar los servicios públicos y prestaciones de la ciudad.
Desaparecida la UCD después de las elecciones de 1982, José Antonio Souto se integró en el Centro Democrático y Social (CDS) liderado por el expresidente del gobierno, Adolfo Suárez.
Con esta formación fue elegido diputado al Congreso en 1989 por la circunscripción de Pontevedra.
[1] Además de artículos en revistas especializadas y participaciones en obras colectivas, es autor de las siguientes obras académicas:[7]