Luego ingresó al frente cuarto de las FARC-EP, que operaba en Cimitarra, Santander.
En 1996 antes que se creara la "Unidad sur" y "norte" del Bloque Magdalena Medio, Pastor Alape estuvo coordinando operaciones desde campamentos ubicados en la región del Magdalena Medio.
Fue el encargado de contrarrestar y comandar la ofensiva contra grupos paramilitares.
[2] Participó en las negociaciones del Acuerdo de paz entre el gobierno colombiano y las FARC-EP.
[9] También fue designado delegado del partido FARC al Consejo Nacional de Reincorporación.