A los veintiún años ingresa en la Joven Orquesta Nacional de España (1986-1989).
Allí crea un conjunto de cámara, el Grupo Manon (1989-1997), junto a Amparo Lacruz, Víctor Ambroa y Andreu Riera, con los que actuará en los principales festivales españoles y en el extranjero.
Fuera de España, también ha sido invitado en prestigiosos centros de enseñanza en Francia (Festival Casals, Prades), en Reino Unido (Guildhall School of Music and Drama de Londres), en Finlandia (profesor invitado en la Sibelius-Akatemia) y en Holanda (Utrecht y Rotterdam Konservatorium), así como en Suiza, Portugal, Alemania, México y Estados Unidos.
Estellés ha ido completando su actividad artística con numerosas grabaciones que reflejan tanto su faceta como clarinetista como la de director orquestal en interpretaciones que abarcan desde el clasicismo hasta la creación contemporánea.
En la década de 1990 realizó grabaciones con el Grupo Manon para los sellos Audiovisuals de Sarria (Guinjoan, Casablancas, Soler) y Anacrusi (Messiaen), y también inició sus colaboraciones con el Orpheus Quartett produciendo dos CD para los sellos Turtle Records (Brahms) [Grabación extraordinaria - Klassic Heute, Álbum de cinco estrellas - Seen & Heard, Nominada al lanzamiento del año - Audio Notes] y Emergo Classics (Keuris) [Nominada al lanzamiento del año - The Clarinet Magazine, CD de la semana - Radio Clásica Holandesa] En la primera década del siglo XXI, tras sus inicios como director orquestal, inicia una serie de grabaciones para el sello propio del Centro Superior de Música del País Vasco (Musikene), que incluye numerosas recuperaciones históricas, estrenos y primeras grabaciones mundiales de música de compositores vascos.
A partir de 2010 José Luis Estellés combina con regularidad sus grabaciones como clarinetista y director orquestal.
En 2015 inicia su relación artística con el sello IBS Classical, grabando el CD "Clarinet Quintets" (Mozart y Weber) junto al Jousia Quartet.