Durante su carrera como juez debió dictar sentencia en varios casos con especial relevancia social y mediática, como el juicio contra seis jóvenes por el ataque con cócteles molotov la sede del PSE-EE en Portugalete (Vizcaya) en abril de 1987 en el que murieron dos personas; la sentencia en la que se condenó a nueve guardias civiles por las torturas infligidas a Tomás Linaza, padre de un activista de ETA, durante su detención en el cuartel bilbaíno de La Salve; el juicio celebrado en 1991 contra cuatro jóvenes, algunos de ellos menores de edad, por matar a golpes a un mendigo en Bilbao, o la sentencia que condenó a varios guardias civiles por las torturas practicadas contra el miembro liberado de ETA, Juan Ramón Rojo.
[3] La pistola empleada para cometer su asesinato fue posteriormente hallada en el interior del coche en el que murieron los presuntos etarras Odei Galarraga y Egoitz Gurrutxaga, víctimas de la detonación accidental del explosivo que manipulaban en el barrio bilbaíno de Basurto.
[4] El miembro de ETA Orkatz Gallastegi fue condenado por la Audiencia Nacional a 26 años de cárcel por facilitar a ETA información sobre los hábitos del magistrado, posibilitando así su asesinato.
[6][7] Tras su muerte, el juez Lidón ha recibido numerosos homenajes y reconocimientos.
[9] La Universidad de Deusto, en la que era docente el magistrado, le ha dedicado también diversos homenajes, varios de ellos en forma de publicación especializada en Derecho, como los Estudios Jurídicos en memoria de José María Lidón[10] o los Cuadernos Penales José María Lidón.