Desde el punto de vista literario, cuando nace Pérez Bonalde, ya el romanticismo se ha impuesto en América.
Ese mismo año, Juan Antonio sufre el primer golpe doloroso de su vida, muere su padre y el poeta debe velar por su familia.
Esta vez el nuevo caudillo es Antonio Guzmán Blanco quien se impone y comienza el despotismo ilustrado que va a durar siete años, Pérez Bonalde se opone al dictador y tiene que expatriarse voluntariamente a partir de 1870.
Para ganarse el sustento se ve obligado a trabajar en una fábrica de perfumes en la Compañía "Lahman y Kemp".
El presidente Francisco Linares Alcántara propicia un clima de tolerancia política y el poeta regresa.
En 1879 contrae matrimonio con la norteamericana Amanda Schoonmaker, que le dará una hija, Flor, a pesar de no ser una pareja especialmente feliz.
En 1889 es llamado a Venezuela para colaborar en el gobierno de Raimundo Andueza Palacio, será este su último retorno al país.