Después de una temporada con Rosario, Cortés regresó a Uruguay para unirse con el Peñarol en 1966, siendo parte del primer equipo que incluía a jugadores de calidad como Pedro Rocha, Alberto Spencer, Julio César Abbadie, Omar Caetano.
Más tarde en ese año, Cortes ayudó a derrotar al campeón español el Real Madrid y ganar la Copa Intercontinental.
Mientras Cortes fue jugador del Peñarol, ganó también el campeonato de la Liga Uruguaya en 1967 y 1968.
Pero en un partido contra las Chivas Rayadas del Guadalajara, en una disputa por el balón entre Gabriel López Zapían defensor central rojiblanco y Julio César Cortes, sufrió fractura de tibia y peroné de la pierna derecha en una jugada que actualmente sería considerada como fuerza desmedida.
Cuatro años más tarde en México, jugaría los seis partidos completos para Uruguay, hasta semifinales, cuando perdieron y fueron eliminados por Brasil.