Su apellido da nombre a las gotas de Flügge, que él descubrió.
Flügge fue colega del microbiólogo Robert Koch, con quien editó la revista Zeitschrift für Hygiene und Infektionskrankheiten.
[cita requerida] Fue conocido por defender la higiene como una disciplina médica independiente y es recordado por llevar a cabo una amplia investigación que implicaba la transmisión de enfermedades infecciosas como malaria, tuberculosis, cólera.
En 1897, demostró que, incluso durante «el hablar en voz baja», gotas diminutas (microgotas de Flügge) se nebulizan en el aire.
Ese hallazgo fue instrumental en Jan Mikulicz-Radecki, quien abogaba por el uso de mascarillas quirúrgicas de gasa en 1897.