Cuando elementos radicales bajo Takasugi Shinsaku obtuvieron el control político de Choshu, Kido fue usado como el mediador del establecimiento de la Alianza Satchō entre ambos dominios y que batallarían en la Guerra Boshin y estarían involucrados en la Restauración Meiji contra el shogunato Tokugawa.
Con la caída del shogunato Tokugawa, Kido tuvo una presencia importante en el gobierno Meiji.
Como consejero imperial diseñó el Juramento en Cinco Artículos e inició políticas de centralización y modernización.
En 1871 viaja a Estados Unidos y Europa para conocer el sistema educativo en Occidente.
Kido perdió su posición dominante en la oligarquía Meiji y protestó por la Expedición japonesa a Taiwán de 1874.