La novela narra la sombría historia de un matrimonio en la Francia del siglo XIX que termina en tragedia.
En últimas, los deseos imprudentes y las malas decisiones de Emma la conducen a un trágico final.
La novela explora temas como las expectativas sociales, las limitaciones del idealismo romántico y las consecuencias de perseguir sueños superficiales.
Esta obra se desarrolló en dichos años en tres partes; con una increíble agudeza literaria, Gustave Flaubert muestra su punto de vista sobre la vida de la sociedad de alto rango en la Francia del temprano siglo XIX, al casar al personaje principal con alguien que nada le ofrece más que exhibirla como si fuese un trofeo.
Tiene una hija llamada Berthe, pero carece de instinto maternal y a menudo se enfada con la niña.
A pesar de su profundo amor por Emma, no comprende su personalidad y solo admira su apariencia.
Ha tenido muchas amantes y cree que Emma no es diferente a ellas.
Mientras trabaja como funcionario en Yonville, comparte las mismas inclinaciones románticas y amor por las novelas sentimentales que Emma.
Aunque al principio viven de acuerdo con sus ideales románticos, pronto comienzan a aburrirse y disgustarse mutuamente.
Después de la muerte de su primera esposa y, debido a su trabajo, Charles debe visitar en una granja al señor Rouault y allí se encuentra con una bella joven, la hija del señor Rouault llamada Emma.
Su pasión por el mismo tipo de literatura los llevará a un amor imposible.
Ante esta situación, Léon decide marcharse a Ruan y seguir con sus estudios.
Emma se escapa por las noches para ver a Rodolphe, y llega a ser tan grande el amor que siente por él, que le propone una fuga de Yonville, los dos juntos.
Le escribe una carta que hace enfermar nuevamente a la señora Bovary.
Ella sigue contrayendo deudas y firmando pagarés con el señor Lheureux, dejando a su familia con una enorme cantidad de problemas monetarios.
Posteriormente, Charles encuentra las cartas escritas por Léon a su esposa, las cuales sí son claramente comprometedoras y no dejan dudas sobre el adulterio cometido.
El señor Bovary, finalmente, acabará muriendo y dejando a la pequeña Berthe huérfana.