La laguna Chichoj se encuentra ubicada dentro de la subcuenca del mismo nombre.
La laguna Chichoj no recolecta toda el agua que cae sobre la subcuenca, debido a que parte del agua se infiltra en calizas para reaparecer en otras cuencas.
La subcuenca constituye la parte alta de la cuenca del Río Cahabón, a la cual pertenece.
La subcuenca hidrográfica, por ser una unidad física en la cual tienen lugar todo el proceso natural, así mismo por ser una unidad natural y lógica para el desarrollo agrícola, ambiental y socioeconómico, fue considerada de forma integral como territorio destinado a Área de Protección.
Albizurez (1980:53) cita, tal como se la contó el Padre Terga, la siguiente historia: "Había un pueblo, con iglesia, al padre no lo querían, le iban a pegar, huyó, se fue a la cumbre y maldijo al pueblo, al irse empezó a llover y llover hasta que el pueblo desapareció y se llenó de agua y se convirtió en laguna; el padre tenía una serpiente que quedó hundida".
De acuerdo a Terga (1979:4) en San Cristóbal hay un profundo "misticismo alrededor del lago, ese "mar pequeño" que brota eternamente de las entrañas misteriosas del suelo cristobalense, las montañas sagradas, ...".
Según la tradición oral surgió un conflicto peligroso entre ellos y un padre dominico, que amenazado por su vida huyó de San Cristóbal y por la cumbre que va a San Joaquín maldijo al pueblo por su terquedad.
(UNAM, 1982:238) Tomas Gage (1967:64), un sacerdote y aventurero inglés, dijo sobre San Cristóbal y la laguna entre 1627 y 1637, lo siguiente: “Desde este lugar hasta la Verapaz, o ha Cobán, que es la capital, no hay nada de considerable más que un solo pueblo llamado San Cristóbal, donde hay ahora un gran lago que no se le puede encontrar el fondo, según dice.
Antiguamente no había tal lago, pero a causa de un temblor de tierra, esta se abrió y sumergiendo muchas casas dejó un lago que ha permanecido siempre en aquel lugar”.
Estudios de los sedimentos del lago sin embargo revelan que la parte oeste del lago, frente al San Cristóbal moderno, no sufrió ningún cambio en las épocas mencionadas [1], y que por lo tanto si el leyendario colapso ocurrió, solo afectó la mitad este del lago, fuera de la ciudad moderna.
San Cristóbal, el Caccoh antiguo, fue desde principios de este siglo hasta 1930-45, la villa más importante de la Verapaz del Norte (Terga, 1979:3) “debido a su riqueza y herencia insondable”.
"Los micos (monos) han sido siempre muy respetados por los Poqomes, porque en su mitología, ellos eran hombres que en otra época por un castigo fueron convertidos en animales" (Terga, 1979;59).
Sin embargo, la laguna es estratificada, la mayoría del agua restringe su circulación al epilimnio, lo que implica un tiempo de residencia media de sólo 18 ± 3 días, suponiendo una profundidad constante de la termoclina de 7 m.[3] Se distinguen varias microcuencas: a) al Oeste la microcuenca del Río Paná, compuesta por las quebradas de Chijuljá y Requenzal, b) al Suroeste, Los Lavaderos y Chicojgual; c) al Sur, las corrientes intermitentes del Cerro Caj Coj y d) al Noreste, el Río El Desagüe".
Este último conduce las aguas de la Laguna Chichoj hacia el Río Cahabón.
Tiene dos tributarios, las quebradas Paná y Chijuljá, que drenan un área de 14.87 km².
[3] Quebrada Requenzal: El origen está en la montaña Panixcalera, en la parte media y baja hace un recorrido con dirección noroeste-sureste, cortando en cañones poco profundos.
Dentro de la finca la Reforma forma una terraza aluvial, haciendo un recorrido sinuoso hasta confluir con la quebrada Chijuljá.
Ello ha ocurrido en la laguna Chichoj: la eliminación de desechos sin tratamiento ha provocado que cambien las condiciones nutritivas del agua y conforme esta se nutrifica (eutrofica) se produce un mayor crecimiento de la parte vegetal (fitoplancton y luego plantas macroscópicas) produciendo biomasa que no es consumida por la fauna; las plantas gradualmente han ocupado espacios en la superficie, han cambiado la relación de oxígeno en el agua, generando escasez para los animales acuáticos y mejores condiciones para mayor producción vegetal.
[3] Algunas plantas, como lirio acuático (Eichhornia crassipes) gradualmente han ocupado espacios de la superficie, en la medida que se generan condiciones para el surgimiento de plantas superiores, como tulares y así gradualmente se han formado áreas pantanosas.
Su reciclaje como fertilizante, sin embargo, plantea preocupaciones con respecto a la dispersión de cromo y otros metales en el medio ambiente.
Esta situación se agravó con la crisis del café, que al igual que en otras regiones cafetaleras del país, afectó a la población local con la pérdida de empleos.
En el área de estudio se localizan dos zonas que son susceptibles a producir deslizamientos.
La otra zona que puede provocar deslizamientos en masa se localiza en el Cerro Caj Coj, con pendientes que oscilan entre 160 y 320, aunque se observan pendientes de hasta 410.
La base del cerro está constituida por rocas clásticas de la Formación Todos Santos.
La subsidencia puede ser compensada por el crecimiento de plantas en la superficie y su desintegración in situ, combinado con la sedimentación entre los tallos, manteniendo así el nivel de los pantanos con la laguna.
Una antigua línea de costa indica que la laguna se ha extendido sobre los pantanos en un pasado reciente.
En esa fecha, el jefe edil Leopoldo Ical Jul se comprometió a cumplir con varias acciones, entre ellas, construir una garita ecológica en el lugar conocido como Petencito, la cual originalmente era una isla, pero actualmente la mitad de ésta ya es un pantano, debido a que los vecinos rellenan con materiales para luego construir en esa área.
También los ríos Chijuljá y Paná se han convertido en contaminadores de la laguna, ya que trasladan las aguas negras de los barrios San Cristóbal y Esquipulas hacia el manto acuífero.
Según estudios realizados ante el TLA, la laguna contiene altos niveles de heces fecales lo cual hace inapropiado el consumo humano, además, esto ha generado un paulatino deterioro de la flora y la fauna en la zona.
Tomando en cuenta que la laguna drena sus aguas hacia la cuenca del río Cahabón, la contaminación se está ampliando.